A partire da epoche altomedievali è attestato un considerevole flusso di pellegrini verso il santuario micaelico del Monte Gargano.
Le vie di pellegrinaggio che durante la cristianità portavano al Gargano ricalcarono la stessa struttura viaria che aveva veicolato i vari culti pagani presenti sulla montagna. Numerose piste, infatti, collegavano le città costiere con quelle dell'interno. Il santuario garganico, si inserì lungo la direttrice per la Terra Santa, divenendo tappa intermedia dell'itinerario devozionale e penitenziale tipico dell'altomedioevo, che si svolgeva secondo il trinomio salvifico Homo (Roma, tomba degli apostoli Pietro e Paolo), Angelus (Gargano, grotta di San Michele), Deus (Gerusalemme, sepolcro di Cristo).
Il continuo afflusso di fedeli alla grotta contribuì a rendere il pellegrinaggio al monte un fenomeno di ampiezza europea: pellegrini provenienti dalla Francia, dalla Germania, dalla Spagna, dalle Isole britanniche e diretti a Roma o nella Terra Santa, erano soliti fermarsi sul Gargano per venerare l'Arcangelo.
LA STRADA DEI PELLEGRINI
La più importante direttrice di traffico non solo durante la denominazione longobarda, ma anche in seguito, essa fu conosciuta come la Via Sacra Longobardorum, proprio a ragione della presenza dei Longobardi sul Gargano e della politica di diffusione del Culto michaelico da essi attuate.
Lungo la Via sacra furono edificati numerosi monasteri, chiese e ricoveri per i pellegrini, spesso soprapposti a più antiche strutture: santa Maria di Stignano; San Giovanni in Lamis (ora San Matteo); san Giovanni Rotondo; Sant'Egidio; San Nicola al Pantano; San Leonardo di Siponto.
All'uscita dal vallone della Fratta, la strada passava nei pressi di un insediamento tardo antico e altomedievale in contrada Cassano, quindi, si incontrava l'abbazia di santa Maria di Pulsano. La Via Sacra terminava a Monte Sant'Angelo.
I Pellegrini potevano proseguire verso il Tavoliere e visitare la chiesa di Santa Maria di Siponto, l'Abbazia di san Leonardo in Lama Volare, il Duomo di sant a Maria Icona Votere e il santuario dell'Incoronata.
Tra le vie di accesso al Gargano notevole importanza rivestiva l'Appia Traiana, percorso obbligato per i pellegrini che, volendosi recare a Gerusalemme, dovevano raggiungere i porti della Puglia.
L'antica strada può considerarsi la variante meridionale alla Via Francigena o Via Romea, che collegava Roma all'Europa e che costituì per secoli l'asse viario privilegiato per i pellegrini d'Oltralpe. Durante il percorso, con una breve diversione, essi potevano raggiungere il Santuario garganico.
LE ISCRIZIONI RUNICHE
Tanti visitatori del Santuario lasciavano nel luogo sacro una traccia di se: segni senza alcun apparente significato, semplici croci, i più colti il proprio nome.
Alcune di queste epigrafi sono tracciate in carattere diverso da quelli latine e greci. Si tratta delle rune, segni in uso in Inghilterra dal VI al IX secolo. Le rune, almeno in origine, non costituiscono un "alfabeto", esse sono i corrispondenti nordici delle lettere latine e greche.
I segni, dai tratti rigorosamente diritti ed angolari, privi di qualsiasi curva, fatti per essere tracciati su supporti quali la pietra, il metallo, il legno, avevano anche e soprattutto valore magico e sacrale.
LE COMPAGNIE
Per i contadini il Pellegrinaggio non è uno straordinario dovere di pietà, ma un atto periodico della vita, diventato necessario quanto il lavoro di ogni giorno.
Esiste per il pio viaggio un tempo stabilito, come per particolari lavori di campagna; il momento in cui la tradizione ha fissato le partenze verso i santuari oggetto di culto è determinato dalle stesse condizioni di clima che regolano le imigrazioni dei pastori e dei mietitori: il contadino lascia i campi per i Santuari nel momento in cui la terra, abbandonata a se stessa, può continuare un lavoro in sordina, senza l'aiuto dell'uomo. Come i mesi estivi sono i mesi del raccolto, il mese di maggio è quello dei pellegrinaggi. I Pellegrini salivano il Monte organizzati in gruppi, detti Compagnie.
Sono molte le compagnie che ancora oggi giungono in pellegrinaggio al Santuario di S. Michele Arcangelo; quelle con particolari meriti e privilegi secolari sono: Potenza, Boiano, Atino, Bitonto, San Marco in Lamis.
Le Compagnie di Potenza e Boiano usufruiscono di particolari privilegi e meriti: lo scampanio festoso e prolungato di tutte le campane del Santuario, al loro arrivo e alla partenza dalla Città di Monte Sant'Angelo.
I pellegrini di Potenza recarono il loro contributo alla difesa della Città garganica, minacciata dall'assedio dei turchi.
La Comagnia di Boiano (Campobasso) è molto devota e numerosa, viene consierata tra le maggiori per numero di Pellegrini (800 / 900 fedeli). Di essa restava un gruppo di "fedelissimi dell'Arcangelo", che a piedi facevano tutto il tragitto da Boiano a Monte Sant'Angelo, in otto giorni di marcia forzata; mentre il grosso del pellegrinaggio veniva al Santiario in pullman compiendo a piedi l'ultimo tratto.