Il complesso, sorto a ridosso delle mura di cinta che dal Castello, giù per il rione Junno e fino al rione Coppa, ai lati della chiesa di San Giuseppe, cingevano la città dell'epoca, in origine appartenne alle Monache Clarisse che lo fondarono nei primi anni del Quattrocento, grazie all'interessameto di un nobile montanaro che provvide al finanziamento dell'opera e alla costituzione della dote del monastero.
Nel tempo la Chiesa fu ampliata e poi completamente rifatta dalle stesse suore nel Settecento con altari di marmo, con belle decorazioni di stucco e con la costruzione del campanile, attualmente esistente (1770).
La Chiesa fu definitivamente abbandonata nel maggio 1887 e la comunità disciolta. Dopo i restauri effettuati a seguito dei danni subiti durante il terremoto del 1982, il Monastero è stato adibito a sala convegni, divenendo la sede del Centro Studi Micaelici e Garganici dell'Università degli Studi di Bari, diretto da Giorgio Otranto.
Recenti lavori hanno consentito il recupero di nuovi spazi espositivi e vi è stata trasferita la Biblioteca civica.